Las líneas programáticas son el núcleo de operaciones de CODEH ICA y está integrado por el equipo encargado de definir, convocar, seleccionar, aprobar y ejecutar los diversos programas y/o proyectos que la institución desarrolla, con enfoque en (i) derechos humanos, (ii) ciudadanía, iii) inclusión social, iv) género y v) medio ambiente; orientados al fortalecimiento y desarrollo sostenible de la región.

Los equipos están conformados por un coordinador de área y/o, coordinadores de líneas operativas, responsables de proyectos y promotores de campo.