Esta etapa se caracterizó por el autogolpe de Alberto Fujimori quien centralizó todos los poderes en el Ejecutivo. Fue una etapa difícil por la violencia política, se actuó entre la subversión y las Fuerzas Armadas
De 1990 a 1994, Codehica estará presidida por Dn. Santos Gutiérrez Quiñones y del 94 al 98 por el profesor Víctor Echegaray Ramos. En este periodo Codehica trabaja de manera más programada, se constituye la Secretaría Ejecutiva y las Areas de trabajo y desarrolla su quehacer mediante diversos programas.
La dictadura implementada y los permanentes Estados de Emergencia amparados en una legislación antiterrorista sin garantías de ninguna clase, así la institución tuvo que caminar ante dos escenarios la Violencia Política y la implementación del modelo neoliberal fortalecido por el gobierno de turno; constituyéndose en un reto para los organismos de Derechos Humanos y para Codehica la defensa de la democracia.
Se acentúa el trabajo en la promoción de una cultura de paz, la defensa de los derechos civiles y políticos y la recuperación de la democracia. Al disminuir la violencia política se implementan estrategias para la atención a las secuelas dejadas y se trabajo en la recuperación de los espacios democráticos para el ejercicio de los derechos ciudadanos. Proceso que implicó reforzar el tejido social y la institucionalidad democrática. Codehica, más consolidada y estructurada y con mayor planificación contribuirá a la consolidación de las organizaciones
En un fatal accidente pierden la vida el presidente de CODEHICA Prof. Víctor Echegaray Ramos y el Prof. Abigail García Sumari (08/05/98).